Pie XII s’est vite rendu compte que les protestations contre le nazisme entraînaient des représailles pour les populations. Robert Kempner, magistrat juif, accusateur au procès de Nuremberg, écrit, en 1964 : « Toute prise de position à caractère propagandiste de l’Église contre le gouvernement de Hitler aurait non seulement été un suicide prémédité, mais elle aurait accéléré l’assassinat d’un nombre bien plus grand de Juifs et de prêtres ». De fait, une proportion importante du clergé européen a aussi été éliminée dans des camps.
Le pape a alors entrepris des actions secrètes, contribuant à sauver des centaines de milliers de Juifs. Sur 44 discours prononcés pendant 12 ans, 40 dénoncent un aspect ou un autre de l’idéologie nazie. En mars 1935, dans une lettre ouverte à l’évêque de Cologne, il traite les nazis de « faux prophètes, orgueilleux comme Lucifer » et, cette même année, devant des milliers de pèlerins à Lourdes, il s'en prend aux idéologies « possédées par la superstition de la race et du sang ». Des centaines de documents, attestant de l’opposition de Mgr Pacelli au nazisme, peuvent être consultés sur le site de la fondation Pave the way.
« Pie XII était le plus grand des héros de la seconde guerre mondiale... Il a sauvé plus de Juifs que Roosevelt, Churchill et tous ceux qui leur sont associés » dit Gary Krupp, président de cette fondation.
Michael Hesemann, journaliste allemand, spécialiste de l'histoire de l'Eglise, a retrouvé une circulaire du 30 novembre 1938, émanant du cardinal Pacelli, quelques mois avant qu’il ne soit pape. Adressée notamment aux nonciatures, le document demandait de trouver 200000 visas pour faire sortir du Reich « des catholiques non-aryens » (en fait des Juifs). Dans une lettre de janvier 1939, destinée à appuyer la circulaire, le futur pape ajoutait : « N’entreprenez pas seulement de sauver les Juifs, mais aussi les synagogues, les centres culturels et tout ce qui appartient à leur foi : les rouleaux de la Torah, les bibliothèques, etc... ».
Encore cardinal, Mgr Pacelli travaillait activement à écrire la célèbre encyclique de Pie XI, Mit brennender Sorge, qui est lue, le 14 mars 1937, dans toutes les églises d’Allemagne. Ribbentrop et Steengracht déclarent à Nuremberg : « Nous avions des tiroirs pleins des protestations du Vatican. »
Sa première encyclique comme pape, Summi pontificatus de 1939, est si clairement anti-raciste que les avions alliés en larguent des milliers de copies sur l’Allemagne. Le 20 septembre 1943, les allemands exigent des Juifs de la ville de Rome 50 kg d’or, sous peine d’être déportés. Comme ils ne peuvent trouver que 35 kg, le grand rabbin de Rome fait appel à Pie XII qui fait fondre des vases sacrés des paroisses de Rome et apporte les 15 kg manquants !
Des bateaux étaient spécialement affrétés par le Vatican pour évacuer des Juifs vers différents pays d'Amérique. Comme de nombreux pays ne veulent pas de Juifs, Rome leur fournissait de faux certificats de baptême. La quasi-totalité des édifices romains ont hébergé et aidé des Juifs. En 1943, 3500 Juifs sont logés à Castel Gandolfo et 400 sont enrôlés dans la Garde pontificale..., soit près de la moitié de la communauté juive de Rome. Plus de 7000 Juifs de Rome environ ont été sauvés par l’Église.
En 1963 la pièce de théâtre Le Vicaire, écrite par deux communistes veut montrer un Pie XII indifférent, voire hostile, à la cause des Juifs. Cette action du KGB était due au fait que Pie XII était aussi un pape anticommuniste. À compter de cette date, les pseudo-scandales se succèdent, comme le film Amen de Costa-Gavras. Les manipulations ont beau être dénoncées par des historiens, elles restent inconnues du grand public…
Pourtant, après la guerre, Pinchas Lapide, théologien et historien israélien d'origine autrichienne, écrit, dans un article du Monde du 13 décembre 1963 :
Je peux affirmer que le pape personnellement, le Saint-Siège, les nonces et toute l’Église catholique ont sauvé de 150000 à 400000 Juifs d’une mort certaine.
Quatre ans plus tard, dans son ouvrage "Three Popes and the Jews", publié en 1967, il procède à une nouvelle évaluation :
L’Église catholique, sous le pontificat de Pie XII, fut l’instrument qui sauva 700000, mais probablement jusqu’à 860000 Juifs, d’une mort certaine de la main des nazis. Ces chiffres dépassent de très loin ceux de toutes les autres Églises, institutions religieuses et organisations de secours réunis.
Albert Einstein lui-même, le 23 décembre 1940, dira au Time Magazine :
Seule l’Église s’est mise pleinement en travers de la campagne d’Hitler de supprimer la vérité. Je n’ai jamais eu d’intérêt particulier pour l’Église avant, mais maintenant je ressens une grande affection et admiration pour elle, car l’Église seule a eu le courage et la ténacité de se battre pour la vérité intellectuelle et la liberté morale. Je suis forcé de constater que ce que j’ai dédaigné un temps, je le loue aujourd’hui sans réserves.
Effectivement, beaucoup d'autres personnalités étaient silencieuces ou hostiles : le grand mufti de Jérusalem s'est déplacé à Berlin pour faire allégeance à Hitler et une légion musulmane a combattu au service des nazis en Bosnie.
Le rabbin David Dalin, de New York, a publié, en anglais, une étude sur le rôle joué par Pie XII lors de la période nazie, et conclut qu'il devait être reconnu comme Juste parmi les nations. Une version française de cet ouvrage est parue en mai 2007, sous le titre Pie XII et les Juifs : le mythe du pape d'Hitler.
Avec l'ouverture des archives vaticanes sur cette période, la vérité sur les actions du pape apparaît au grand jour :
Johan Ickx, responsable depuis dix ans des Archives historiques du Vatican a mis définitivement fin aux accusations présentant Pie XII comme complice des atrocités nazies.