Le mot Mystère revêt une grande importance dans le Christianisme, mais il ne faut pas lui donner le sens habituel de choses bizarres ou inaccessibles. Ce n'est pas une énigme indéchiffrable, mais une réalité qu'on n'a jamais fini de comprendre. On accède aux Mystères par une révélation gratuite de Dieu., car les plans de l'agir divin, qui sont parfois cachés aux sages et aux savants (Luc 10, 21), paraissent clairs aux personnes éclairées par l'Esprit Saint. Toutes peuvent avoir accès à « la connaissance du mystère de Dieu: le Christ, Mystère dans lequel sont cachés tous les trésors de la sagesse et de la science.» (Col 2, 2..3).
Les principaux Mystères chrétiens sont les suivants :
Le Mystère de la Sainte Trinité
C'est le mystère central de la foi et de la vie chrétienne, et la source de tous les autres Mystères. Les chrétiens sont en effet baptisés au nom de la Sainte Trinité : un seul Dieu en trois Personnes : le Père, son Fils unique Jésus-Christ, et le Saint-Esprit, qui est l'Amour du Père et du Fils. Le Mystère de la Sainte Trinité serait un mystère inaccessible à la seule raison humaine, s'il n'était révélé par Jésus Christ.
Le Mystère de l'Incarnation
La Parole de Dieu s'est faite chair (a pris la nature humaine) en Jésus Christ, né de la Vierge Marie. Selon l'expression de saint Jean : « le Verbe s'est fait chair » (1,14), l'Incarnation est donc le fait que le Fils de Dieu a assumé une nature humaine pour accomplir en elle notre salut. Étant à la fois homme et Dieu, le Christ Jésus rend l'homme incorruptible, c'est à dire que chaque homme ressuscitera pour la vie éternelle ou la peine éternelle. La foi en l'Incarnation véritable du Fils de Dieu, vrai Dieu et vrai homme, est le signe distinctif de la foi chrétienne.
Le Mystère de la Rédemption
Le salut est pleinement accompli par la croix, la mort et la résurrection de Jésus-Christ. Sa vie entière est Mystère de salut, car tout ce que Jésus a fait, a dit et a souffert a pour but de sauver l'homme déchu et de le rétablir dans sa vocation de fils de Dieu.
Le Mystère de l'Eucharistie
Le pain et le vin deviennent le Corps et le Sang du Christ lors de la Sainte Messe. Jésus Christ est présent de manière vraie, réelle, substantielle : avec son Corps et son Sang, avec son Âme et sa Divinité. Dans l'Eucharistie, le Christ tout entier, vrai Dieu et vrai homme, est présent de manière sacramentelle, c'est-à-dire sous les espèces du pain et du vin.